মালয়েশিয়া এর আয়তন 329,847 বর্গকিমি (127,264 বর্গ মাইল)। মালয়েশিয়া মোট ভূমি আয়তনের ভিত্তিতে 66তম বৃহত্তম দেশ ।
পেনিনসুলার মালয়েশিয়া, মালয়েশিয়ার স্থলভাগের ৪০ শতাংশ ধারণ করে, উত্তর থেকে দক্ষিণে ৭৪০ কিমি বিস্তৃত, এবং এর সর্বোচ্চ প্রস্থ হল ৩২২ কিমি। এটি টিটিওয়াংসা পর্বতমালা দ্বারা তার পূর্ব এবং পশ্চিম উপকূলের মধ্যে বিভক্ত , কোরবু পর্বতে 2,183 মিটার উচ্চতায় উত্থিত , কেন্দ্রের নিচে চলমান পর্বতমালার একটি সিরিজের অংশ। উপদ্বীপের এই পর্বতগুলি ভারী বনভূমি এবং প্রধানত গ্রানাইট এবং অন্যান্য আগ্নেয় শিলা দ্বারা গঠিত।

পশ্চিম মালয়েশিয়ার থাইল্যান্ড এবং পূর্ব মালয়েশিয়ায় ইন্দোনেশিয়া এবং ব্রুনাইয়ের সাথে এর স্থল সীমান্ত রয়েছে। এটি একটি সরু কজওয়ে এবং একটি সেতু দ্বারা সিঙ্গাপুরের সাথে সংযুক্ত। ভিয়েতনাম এবং ফিলিপাইনের সাথেও দেশটির সমুদ্রসীমা রয়েছে। মালাক্কা প্রণালী, সুমাত্রা এবং উপদ্বীপ মালয়েশিয়ার মধ্যে অবস্থিত , বিশ্ব বাণিজ্যের অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ রাস্তা, যা বিশ্বের বাণিজ্যের 40 শতাংশ বহন করে।
মালয়েশিয়ার দুটি অংশ, দক্ষিণ চীন সাগর দ্বারা একে অপরের থেকে বিচ্ছিন্ন , একটি বহুলাংশে অনুরূপ ল্যান্ডস্কেপ ভাগ করে যে উপদ্বীপ এবং পূর্ব মালয়েশিয়া উভয়ের উপকূলীয় সমভূমি পাহাড় এবং পর্বত পর্যন্ত উত্থিত।
মালয়েশিয়াই একমাত্র দেশ যেখানে এশিয়ার মূল ভূখণ্ড এবং মালয় দ্বীপপুঞ্জ উভয়েরই ভূখণ্ড রয়েছে।